OLDEPESCA está constituida por los siguientes órganos:

a). La Conferencia de Ministros, como máxima autoridad de la Organización, conformada por los Ministros o Secretarios de Estado que tengan a su cargo los asuntos relativos al sector pesquero.

b). El Consejo Directivo, órgano de carácter técnico de OLDEPESCA; y

c). La Dirección Ejecutiva, a cargo de un Director Ejecutivo que es un funcionario de carácter internacional.